Панчарево е наследник на средновековно селище, на име – Главиша. За произхода на името говори едно предание, което гласи, че по време на Второто Българско царство жителите на селото са се задължили (староб. „главили“) да пазят Искърският проход към Самоков, да наблюдават и охраняват подстъпите към крепостта „Урвич“ и околните манастири, както и да снабдяват с храни, фуражи и оръжие крепостта и да подсигуряват работна ръка за строителството, поддръжката и обслужването и, срещу някъква морална или материална отплата. И така от “главили се – главишевци – Главушево, Главишево, Главиша”.
Това село пострадало извънредно много, след превземането и разрушаването на средновековната крепост „Урвич“ от турците, поради крайното си местоположение, тъй като останало встрани от основният по онова време път от София за Самоков, през Лозен и Пасарел, както и от създадения по-късно турски чифлик, между днешната минерална баня на Панчарево и Симеоновското землище. Много от жителите били избити, други откарани в плен, след което се налагало да работят ангария и да търсят препитание в района на днешно Панчарево, който бил много по-добре охраняван от турската власт.
Не се знае със сигурност от къде идва името Панчарево, на мястото на което по-късно се заселили за постоянно някои от оцелелите родове от Главешово, но съществуват няколко хипотези за произхода му:
1. От индийската дума „панча“ (пет)
2. От „паничар“ (майстор на паници, грънчар), каквито е имало много в периода на турското робство. Хората когато отивали към селото, казвали че отиват при паничарите. Това е твърде вероятна хипотеза, поради факта че около река Бистрица е имало воденици, задвижвани от силата на водата, и логично би било силата и да е използвана и за задвижване на грънчарски колелета.
3. От „паница“, паницообразна (пресечена местност), което е твъде вероятно заради формите на релефа – Панчарево е оградено отвсякъде с планински хълмове.
4. От трансформация при произнасянето на турското име на минералните извори – („Банджареви“, „Банджар“, „Панчар“). Твърде вероятно поради факта, че в селото е имало много турци, които владеели чифлика до банята, водениците и самокова на река Бистрица.
5. От полския рицар-тамплиер пан Чарли. По време на кръстоносните походи, някои християнски държави се опитвали да помогнат на България, но без успех. Предполага се че по това време полските рицари-тамплиери пан Чарли и пан Сарел дават имената на днешните Панчарево и Пасарел.